国家卫星海洋应用中心机构设置卫星中心为部委正司级单位，人员编制120名
根据主要职责，机关设6个处级机构：办公室（财务处）、党委办公室、人事处、科技处、工程管理处、条件保障处（基建办公室）；业务部门设5个处级机构：运控处理部、应用发展部、系统工程部、定标检验部、开放实验室；设3个处级地面接收站：北京海洋卫星地面接收站、三亚海洋卫星地面接收站、牡丹江海洋卫星地面接收站
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