厦门市疾病预防控制中心所获荣誉中心先后获得“全国卫生防疫防病先进集体”、“全国乙肝疫苗接种先进单位”、“全省碘缺乏病防治工作先进单位”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全国结核病防治先进单位”和“厦门市防治非典工作先进集体”等荣誉称号
2003-2005 连续三年获市直机关 “文明单位”称号， 2006 年被市政府评为市级文明单位
2020年11月，被授予“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号
2020年11月，厦门市疾病预防控制中心党委被授予“福建省先进基层党组织”荣誉称号
2022年4月，荣获“福建省五一劳动奖状”
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