浙江省水利防灾减灾重点实验室运行管理机制实验室是一个相对独立的科研实体，由依托单位浙江省水利河口研究院对试验基地的运行进行具体负责管理
实行主任负责制，全权负责试验基地工作
实行“开放、联合、共建、共享”的运行机制，积极创造条件对外开放，参与国内外技术合作与学术交流，邀请国内知名学者担任试验基地的兼职教授或学术顾问，开展与各大专院校、科研院所进行合作科学研究，联合培养人才
为了加强学术领导，建立的学术委员会主要负责审议试验基地的目标、任务和研究方向，审议有关重大学术活动、年度工作等
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