浙江省疾病预防控制中心主要职责中心承担政府疾病预防控制技术管理与服务职能，主要包括传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制，突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置，疫情及健康相关因素信息管理，健康危害因素监测与干预，疾病病原生物检测鉴定和物理化学因子检测评价，健康教育与健康促进，疾病预防控制技术管理与应用研究指导，是浙江省疾病预防控制工作的业务技术指导中心、检验检测中心、科研培训中心和信息管理中心
中心还对外挂牌“浙江省公共卫生研究院”、“国家食品安全风险监测浙江中心”、“PulseNet-China浙江区域中心实验室”、“国家博士后科研工作站”等，是中国疾控中心、香港中文大学、浙江大学、南京医科大学、宁波大学、杭州医学院、杭州师范大学等多家教育科研机构的教学与联合培养合作基地
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