中国伊斯兰教协会职能机构协会下设职能机构有：办公室、教务部、国际部、解经工作办公室、朝觐工作办公室、伊斯兰文化研究部、中国穆斯林部、网络信息办公室等业务工作部门
协会设有中国伊斯兰教教务指导委员会、中国伊斯兰教协会教育工作委员会等专门委员会;主办有中国伊斯兰教经学院、《中国穆斯林》杂志(汉文版、维吾尔文版)和中国伊协门户网站(汉文版、维吾尔文版)
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