机电综合工程训练中心在组织结构方面将工业发展与培训中心、原校级机械工程实验教学中心和相关院系（主要包括能源与环境、自控、电气、仪科等）的机电类实验室合成一体，建立了由相关学科专家组织的学术委员会监督指导、中心主任全面负责的管理体系，统筹规划中心的建设，实现资源共享和教学内容、人员、设备的优化组合，形成满足现代工程多学科优化集成、和谐统一特性的实验室组织、管理、运行机制，保证了中心的可持续发展；
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