敦煌研究院保护研究所机构设置保护所下设环境研究室、分析研究室、修复技术室、档案信息资料室、图像处理研究室，文物保护技术服务中心；并设有敦煌研究院保护所与美国盖蒂保护所 （GCI）、与日本东京国立文化财研究所 、与日本大阪大学合作项目研究实验室等机构
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