北京协同创新研究院组织体系研究院按照围绕产业链构建创新链、围绕创新链培育产业链的思路，由相关大学和企业按照行业组建若干协同创新中心，并由中心成员共同出资设立各中心专属的协同创新基金，采取独特的“基金-协同创新中心-研究所三元耦合”体制，即协同创新子基金遴选项目及领投，政府自动跟投、资助自动配套，在组织结构上实现了产学研用紧密结合和市场配置资源，推动知识、技术、产品与产业的深度融合

 研究院一期规划建设了智能机器人、智能制造、大数据、半导体光电子、现代传媒技术与虚拟现实、能源材料及应用、水处理及土壤修复、生物医学工程、生物医药等18个协同创新中心

 按照围绕创新链组织人才链的思路，研究院形成了基础研究（自然基金项目制科学家）、应用研究（双聘教授、专职研究人员、创新菁英计划研究生）、产业发展及示范应用（企业工程师和创新菁英计划研究生）等300多名多层次人才队伍，有效保证了科研的效率和效果

 按照围绕创新链配置资金链的思路，研究院形成了包括自然基金、政府专项经费、知识产权基金、协同创新子基金、银行融资及社会资本等在内的40亿元的多元化的投资体系，资金体系覆盖了全创新链

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