南京大学数学系学科设置自1999年起，根据教育部要求，原有的数学、计算数学及其应用软件、统计与概率、运筹学、应用数学等本科专业合并为数学与应用数学、信息与计算科学、统计学三个本科专业
数学系现设有三个本科专业：数学与应用数学专业、信息与计算科学专业、统计学专业
数学系现拥有国家一级重点学科、国家理科基础科学研究和教学人才培养基地、数学一级学科博士点（即在数学学科的所有方向均可进行硕士生、博士生培养）及博士后流动站，形成了本科生、硕士生、博士生和博士后的完整培养体系
所属院系序号专业名称专业代码学制学位数学系1数学与应用数学0701014理2信息与计算科学0701024理3统计学0716014统
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