国家水运安全工程技术研究中心组织架构中心主要由管理委员会、技术委员会和综合办公室构成，其中技术研发部包括8个研究所，分别为：风险与应急研究所、交通感知与控制研究所、综合交通规划与安全研究所、交通信息与仿真研究所、船舶导航与仿真研究所、通航安全保障研究所、可靠性工程研究所、系统仿真与控制研究所
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