北京大学学报荣誉1995年7月获北京市高校系统自然科学学报“三优”评比一等奖；11月获国家教委“全国高校自然科学学报系统优秀学报二等奖” 1996年11月获国家教委“国家教委系统优秀科技期刊一等奖” 1997年3月获中宣部、新闻出版署、国家科委联合颁发的“第二届全国优秀科技期刊一等奖” 1999年5月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”（教育部发文：相当于部级“科技进步一等奖”）；同年10月获国家首届“国家期刊奖”并得到科技部奖励 2001年11月经新闻出版总署和科技部等有关部委选定，《北京大学学报（自然科学版）》进入国家“期刊方阵”中最高一层的“双高”（高水平、高知名度）期刊阵列，成为教育部主管的综合性大学自然科学学报唯一入选者 2002年12月获第二届“国家期刊奖”提名奖（相当于国家级二等奖） 2004年9月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖” 2005年1月获第三届“国家期刊奖”提名奖 2004—2007年连续4年荣获中国科学技术信息研究所颁发的“百种中国杰出学术期刊”称号 2006年11月获教育部颁发的“首届中国高校精品期刊奖” 2008年11月获教育部“第二届中国高校精品科技期刊奖”

“学报”多年来被国际科技界公认的6大权威科技期刊检索数据库中的4种：CA（美国《化学文摘》）、SA（英国《科学文摘》）、俄罗斯《文摘杂志》、科学技术文献速报（日本）收录；还被国际著名的专业性检索期刊MR（美国《数学评论》）、Zbl Math（德国《数学文摘》）、GeoRef（美国《地质参考》）等收录

从1996年起，被收入Ei的扩展版，成为国内少数被Ei收录的自然科学综合类期刊之一；2005年起，“学报”文章被Ei全部收录

据不完全统计，“学报”被26种国内权威文摘期刊或者数据库收录

自1992年来，“学报”一直被评为中文核心期刊

1995年以来，“学报”共获得国家级和部委级奖励8次，其中国家级3次

截止到2005年11月，北大校内及其他一些单位的中科院和工程院院士在“学报”上发表文章的共计63人，共发表论文440篇

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