北京大学学报发展历史自1959年创刊至今，经历了3次更名
最初称为《北京医学院学报》，由北京医学院主办
1985年学校更名为北京医科大学，学报也更名为《北京医科大学学报》
2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学
2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任医学部的主任
2001年，《北京医科大学学报》更名为《北京大学学报（医学版）》
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