分子科学学报影响因子根据2018年5月8日中国知网显示，《分子科学学报》总被下载234489次、总被引6758次，（2017版）复合影响因子为0.447、（2017版）综合影响因子为0.352
根据2018年5月8日万方数据知识服务平台显示，《分子科学学报》被引量为5593，下载量为39390，期刊影响因子为0.43
（注：因该刊未被《中国期刊引证报告（扩刊版）》收录，故无统计期刊排名信息）
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