植物学报荣誉表彰2000年，获中国科学院优秀期刊三等奖
2001年，获中国新闻出版总署中国期刊方阵“双效期刊”奖
2008年，获第六届中国科协期刊优秀学术论文三等奖
2009年，入选中国科协精品期刊示范项目
2011年，被评为中国精品科技期刊和百种中国杰出学术期刊
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