作物学报荣誉表彰1992年，获“中国科协优秀自然科学学术期刊三等奖”、“中国农业科学院优秀期刊奖”、“北京市优秀自然科学期刊奖”、“国家新闻出版署印刷质量奖”

1996年，获“中国科协优秀自然科学学术期刊二等奖”、“全国农口优秀学术期刊奖”

据北京大学图书馆和北京高校联名合著的2000、2004、2008、2011、2014年版《中文核心期刊要目总览》登载，该刊名列“农学、农作物”类核心期刊的首位

2000年，获中国科技信息研究所颁发“全国农学期刊影响因子排序第二名”的奖励证书

2002年，获“全国农业优秀期刊一等奖”、“第三届中国科协优秀科技期刊二等奖”，被评为“2001年百种中国杰出学术期刊”

2003年，被评为“2002年百种中国杰出学术期刊”

2004年，被评为“2003年百种中国杰出学术期刊”，获“全国农业优秀期刊一等奖”

2005年，获“第三届国家期刊奖提名奖”，被评为“2004年百种中国杰出学术期刊”

2006年，被评为“2005年百种中国杰出学术期刊”

2007年，被评为“2006年百种中国杰出学术期刊”

2008年，被评为“2007年百种中国杰出学术期刊”

2009年，被评为“2008年百种中国杰出学术期刊”、“第一届中国精品科技期刊”、“新中国60年有影响力的期刊”，程维红被评为“新中国60年有影响力的期刊人”

2010年，被评为“2009年百种中国杰出学术期刊”

2009、2011、2013、2015年被评为“中国权威学术期刊（A+）”

2011年，获“第二届中国政府出版奖期刊提名奖”，被评为“2010年百种中国杰出学术期刊”、“第二届中国精品科技期刊”

2012年，被评为“2011年百种中国杰出学术期刊”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”

2013年，新闻出版广电总局“百强科技期刊”，被评为“2012年百种中国杰出学术期刊”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”

2014年，被评为“2013年百种中国杰出学术期刊”、“第三届中国精品科技期刊”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”

2015年，获科学出版社“期刊出版质量优秀奖”，新闻出版广电总局“百强科技期刊”，被评为“2014年百种中国杰出学术期刊”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”，被中国期刊协会评为“2015年期刊数字影响力100强”

2016年，被评为“2015年百种中国杰出学术期刊”，被中国期刊协会评为“2016年期刊数字影响力100强”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”

2017年，被评为“第三届中国精品科技期刊”，评为“2016年百种中国杰出学术期刊”，被CNKI评为“中国最具国际影响力学术期刊”

2018年，获“第四届中国政府出版奖期刊提名奖”，被中国期刊协会评为“2018年期刊数字影响力100强”，被评为“2017年百种中国杰出学术期刊”

2019年，被评为“2018年百种中国杰出学术期刊”

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