云南农业大学学报（自然科学版）荣誉表彰1989年，该刊部获得由国家新闻出版署、国家教育部科技司颁发的“全国高等学校自然科学学报优秀质量二等奖”、同年获得由云南省教育厅颁发的“云南省高等学校自然科学学报优秀质量一等奖”

1992年，该刊部获得由国家教育部科技司颁发的“全国高等农业院校学报质量二等奖”、同年获得由云南省科学技术委员会、中共云南省委宣传部、云南省新闻出版局颁发的“云南省科技期刊质量奖”

1995年

该刊获得由国家农业部教育司、全国高等学校学报研究会颁发的“全国高等农业院校优秀学报一等奖”

1996年，该刊获得由中国农学会颁发的“第二届全国农口学会优秀期刊奖”

1997年，该刊获得“全国农业第2届学术期刊评比二等奖” 

1999年，该刊获得由国家教育部颁发的“全国高等学校自然科学优秀学报二等奖”

2001年，该刊获得由中国学术期刊文献计量评价中心颁发的“《中国学术期刊检索与评价数据规范》执行优秀期刊奖”

2004年，该刊获得由国家教育部颁发的“全国高等学校优秀学术期刊二等奖”、同年获得由中国科学信息研究所颁发的“中国科技核心期刊奖”

2005年，该刊部获得由中国高等学校自然科学学报研究会颁发的“高校科技期刊先进集体奖”

2006年，该刊获得由中国农业科学院颁发的“中国农业科学核心期刊奖”、云南省新闻出版局颁发的“云南省优秀学术期刊二等奖”、云南省新闻出版局颁发的“云南省优秀期刊装帧奖”

2007年，该刊部获得由云南省教育厅颁发的“云南省高校优秀学报部奖”、同年该刊获得由云南省新闻出版局颁发的“云南省期刊质量评估为A类期刊奖”

2008年，该刊获得由教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线期刊二等奖”

2009年，该刊获得由云南省新闻出版局颁发的“第三届云南优秀期刊奖”、同年获得由教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线优秀期刊奖”

2010年，该刊获得由教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线期刊二等奖”

2011年，该刊获得由教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线期刊二等奖”、同年获得由中国高校科技期刊研究会颁发的“首届中国高校科技期刊优秀网站奖”

2012年，该刊获得由云南省新闻出版局颁发的“第四届云南优秀期刊奖”

2013年，该刊部获得由全国高等农业院校学报研究会颁发的“全国高等农业院校学报优秀团队奖”

2014年，该刊获得由教育部科技发展中心 颁发的中国科技论文在线期刊二等奖 

2015年，该刊获得2015年度“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖 

2018年10月8日，该刊获得由云南省新闻出版广电局颁布的“优秀期刊奖” 、同年11月4日获得“2018年度中国高校百佳科技期刊”奖 

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