云南农业大学学报（自然科学版）影响因子据2019年2月15日中国知网显示，《云南农业大学学报（自然科学版）》总被下载643281次、总被引38233次，（2018版）复合影响因子为0.796、（2018版）综合影响因子为0.590
据2019年2月15日万方数据知识服务平台显示，《云南农业大学学报（自然科学版）》被引量为21706、下载量为126978，据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《云南农业大学学报（自然科学版）》影响因子为0.83，在全部统计源期刊（6735种）中排第1454名，在大学学报（农业科学）类刊（39种）中排第11名
据《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术· 2017版）》统计分析，2016年《云南农业大学学报（自然科学）》的复合总被引频次为3171，期刊综合统计源总被引频次为1388，复合即年指标为0.075，期刊综合即年指标为0. 063
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