安徽医科大学学报影响因子据2011年中国科学文献计量评价研究中心统计，《安徽医科大学学报》综合影响因子0.523
据2018年9月30日中国知网显示，《安徽医科大学学报》总被下载735216次、总被引34912次；（2017版）复合影响因子为0.963、（2017版）综合影响因子为0.667
据2018年9月30日万方数据知识服务平台显示，《安徽医科大学学报》被引量为22359、下载量为285317；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《安徽医科大学学报》影响因子为1.1，在全部统计源期刊（6735种）中排第854名，大学学报（医药卫生）（114种）中排第21名
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