解剖学报荣誉表彰该刊曾获全国优秀科技期刊二等奖（1997年）、两次获中国科协优秀学术期刊奖（1992年三等奖、1997年二等奖）；五次获中国科协择优支持基础性和高科技学术期刊经费资助三等奖（1997－2002年）；在《中文核心期刊要目总览》2000年版中，该刊在基础医学类核心期刊中排名第一；2002年，在国家新闻出版署组建的期刊方阵中，该刊被定为“双百期刊”
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