菌物学报收录情况根据2018年5月学报官网显示，《菌物学报》被Index Copernicus、CA （美国“化学文摘”）、Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）、Index of Fungi （英国“菌物索引”)、Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）、Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）、Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur（德国“植物保护文献目录”）、中国科技信息研究所数据库（CJCR）、中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCD）、《中国学术期刊文摘》、《中国农业文摘》、《中国生物学文摘》、北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》等收录
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