应用生态学报收录情况截止2012年12月，《应用生态学报》被“中国期刊方阵”（双效期刊）、“中国科技核心期刊”、“中文核心期刊”，被《中国科学引文数据库》（CSCD，核心期刊）、《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）、《中国学术期刊综合评价数据库》（CAJCED）、《万方数据库》、《中国期刊全文数据库》（GJFD）、《中国学术期刊全文数据库》、《中文科技期刊文摘数据库》、美国《生物学文摘》（BA）、《化学文摘》（CA）、英国《生态学文摘》（EA）、日本《科学技术文献速报》（CBST）和俄罗斯《文摘杂志》（AJ）等中国内外十多家权威检索系统和数据库收录
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