北京中医药大学学报影响因子据2019年7月10日中国知网显示，《北京中医药大学学报》总下载1409365次、总被引88867次，（2018版）复合影响因子为1.658、（2018版）综合影响因子为1.072
据2019年7月10日万方数据知识服务平台显示，《北京中医药大学学报》被引量为45162次、下载量为285451次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《北京中医药大学学报》的影响因子为1.56，在全部统计源期刊（6735种）中排第3183名，在大学学报（医药卫生）、药学、中国医学类类刊（276种）中排第199名
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