水生生物学报影响因子据2018年5月7日中国知网显示，《水生生物学报》总被下载840838次、总被引68737次、（2017版）复合影响因子为1.571、（2017版）综合影响因子为1.082
据2018年5月7日万方数据知识服务平台显示，《水生生物学报》被引量为39522，下载量为111999，2015年影响因子为1.24，在全部统计源期刊（6735种）中排名第656名，在生物科学、水产渔业、农业科学（570种）中排名第38名
据中国科学技术信息研究所公布的2015年度中国科技期刊引证报告（核心版），《水生生物学报》2015年核心被引频次和核心影响因子分别为2031次和1.039，在生物学基础学科类期刊中分别排名第1和第2
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