农业工程学报荣誉表彰2008年，被评选为2008年度中国精品科技期刊
2013年，在第三届中国期刊质量与发展大会上被评为权威期刊；入选“2013中国最具国际影响力学术期刊”
2014年，入选“百种中国杰出学术期刊”“2014中国最具国际影响力学术期刊”，被评为“中国精品科技期刊”
2015年，被评为2015-2017年中国科协精品科技期刊TOP50；首次入选“百强科技期刊”；入选“2015中国最具国际影响力学术期刊”
2016年，入选“2016中国最具国际影响力学术期刊”
2017年，被评为“百种中国杰出学术期刊（2016年）”，这是学报第8次蝉联该奖项；被评为“第4届中国精品科技期刊”，这是学报第4次蝉联该奖项
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