中国财政科学研究院科研部门据2017年1月财科院官网显示，财科院下设12个研究中心、2个学术社团秘书处，有6个学术社团挂靠
院属研究中心：宏观经济研究中心、财政与国家治理研究中心、公共收入研究中心、公共资产研究中心、金融研究中心、教科文研究中心、社会发展研究中心、资源环境研究中心、外国财政研究中心、财务会计研究中心、政府人力资源研究中心、珠心算研究中心 院属社团秘书处：中国财政学会秘书处、中国珠算心算协会秘书处 挂靠社团：中国财政学会（民族地区财政研究会、外国财政研究会、旅游地区财政研究会、城镇财政研究专业委员会、县级财政研究会、中国PPP专委会）、中国珠算心算协会、世界珠算心算联合会、许毅基金会、杨纪琬基金会、世界彩票研究协会
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