中国国土经济学会组织机构秘书处设有办公室、人事处、《今日国土》杂志社 、继续教育处、网络中心、研究中心、外联处等业务部门 ，同时设有中国国土经济学会小城镇发展专业委员会 、中国国土经济学会环境与发展专业委员会、中国国土经济学会房地产资源专业委员会 、中国国土经济学会国土交通综合规划与开发（TOD）专业委员会 、中国国土经济学会南方国土开发专业委员会、中国国土经济学会沙产业专业委员会、中国国土经济学会海峡两岸城乡发展合作委员会、中国国土经济学会旅游经济发展专业委员会、中国国土经济学会休闲农业专业委员会、中国国土经济学会投融资工作委员会、中国国土经济学会区域战略专业委员会 、中国国土经济学会青年工作委员会 、中国国土经济学会乡村振兴委员会、中国国土经济学会大湾区委员会
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