重庆地质矿产研究院组织机构设有机关管理部门10个，包括党政办、规划办、总工办、科研办、财务科、资采办、纪检审计室、基建办、后勤服务工作组、发展研究中心；设有二级实体（分院）13个，包括一所、三所、五所、六所、九所、地质灾害研究所、地质矿产信息所、检测中心、页岩气分院、生态修复分院、测绘权益工作组、乡村振兴与土地资源研究工作组、广西分院
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