首都医科大学学报荣誉表彰奖项年份颁奖单位中国高校优秀科技期刊奖2006年、2010年、2012年、2016年教育部科技司中国科技论文在线优秀期刊二等奖2010年教育部科技发展中心中国科技论文在线优秀期刊一等奖2011-2016年教育部科技发展中心中国高校科技期刊优秀团队2013年教育部科技司中国高校科技期刊“最佳网站内容奖”2011年中国高校科技期刊研究会中国北方优秀期刊奖2009年中国北方期刊奖评选委员会中国高校优秀科技期刊评比一等奖2004年教育部科技司北京市优秀科技期刊一等奖2004年北京市科委华北地区优秀期刊奖2004年北方期刊奖评选委员会入选“中国期刊方阵”2001年新闻出版署第2届全国优秀科技期刊三等奖1997年中共中央宣传部、国家科委、新闻出版总署中科双效期刊/新闻出版总署表格资料来源：
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