首都医科大学学报影响因子据2019年7月12日中国知网显示，《首都医药大学学报》总下载657565次、总被引29372次，（2018版）复合影响因子为1.348、（2018版）综合影响因子为1.137
据2019年7月12日万方数据知识服务平台显示，《首都医药大学学报》被引量为20943次、下载量为242216次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《首都医药大学学报》的影响因子为1.51，在全部统计源期刊（6735种）中排第2927名，在大学学报（医药卫生）类刊（144种）中排第66名
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