中国食品药品检定研究院研究部门据2018年7月中检院官网显示，中检院设有2个研究中心、8个检定所、3个研究所，拥有中国药品生物制品标准化研究中心；是国家病毒性肝炎研究中心、国家抗生素细菌耐药性监测中心、中国医学细菌保藏管理中心、中国药品生物制品标准化研究中心、国家实验动物质量检测中心、国家啮齿类实验动物种子中心、国家新药安全评价中心
研究中心：仿制药质量研究中心、检验机构能力评价研究中心检定所：食品检定所、中药民族药检定所、化学药品检定所、生物制品检定所、化妆品检定所、医疗器械检定所、体外诊断试剂检定所、包装材料与药用辅料检定所研究所：实验动物资源研究所、安全评价研究所、医疗器械标准管理研究所
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