中国菌物学会机构设置最高权力机构该学会的最高权力机构是全国会员代表大会

全国会员代表大会的职权是：（一）制定和修改章程；（二）选举和罢免理事；（三）审议理事会的工作报告和财务报告；（四）制定并修改会费标准；（五）决定终止事宜；（六）选举和罢免监事会；（七）决定其他重大事宜

全国会员代表大会须有2/3以上的会员代表出席方能召开，其决议须经到会会员代表半数以上表决通过方能生效

全国会员代表大会每届4年，因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报中国科协审查并经民政部批准同意

但延期换届最长不超过一年

 执行机构理事会是全国会员代表大会的执行机构，在全国会员代表大会闭会期间领导该学会开展日常工作，对全国会员代表大会负责

理事会的职权是：（一）执行全国会员代表大会的决议；（二）选举和罢免理事长、副理事长、秘书长、常务理事；（三）筹备召开全国会员代表大会；（四）向全国会员代表大会报告工作和财务状况；（五）决定会员的吸收或除名；（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；（七）决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；（八）领导该学会各机构开展工作；（九）制定内部管理制度；（十）决定其他重大事项

理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效

理事会每年至少召开一次会议；情况特殊的，也可采用通讯形式召开

该学会设立常务理事会

常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使第十八条第一、三、五、六、七、八、九项的职权，对理事会负责

常务理事人数不超过理事人数的1/3

常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事2/3以上表决通过方能生效

常务理事会至少半年召开一次会议；情况特殊的，可采用通讯形式召开

 组织机构据2023年6月学会官网数据，中国菌物学会有专业委员会13个、分会13个、工作委员会8个

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