重庆市文化遗产研究院部门职责办公室行政办公、人力资源管理、财务管理、物资及固定资产采购、车辆管理
文物保护管理办公室文物保护立项工作、业务项目综合协调
文物考古研究所地下文化遗产资源调查、勘探、考古发掘、资料整理、保护规划和方案编制；三峡消落带与后三峡文物保护；大遗址保护；学术研究
建筑遗产研究所地面文化遗产资源调查、测绘、保护方案设计及规划编制；岩土文物与土遗址保护规划和设计方案编制；文物保护工程监理；学术研究
文物修复保护所可移动文物保护方案设计、修复、科技保护；考古发掘现场保护、田野文物监测与病害治理；文物科技检测、分析；文物保护技术研究
文物信息中心文物信息资源管理、数字资源开发利用；文物信息咨询、培训；图书管理；出版；公众考古；文化遗产保护理论和政策研究
保管部文物、标本、原始档案资料保管；库房、基地、标本展示场所管理；考古博物馆管理；学术研究
后勤中心（保卫科）负责物资及固定资产保管；物业管理；设备维护；基础设施建设；安全保卫；消防管理；安全器材与设备维护；综合治安；停车场管理
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