广西交通科学研究院部门组织广西交通科学研究院的下属的主要业务部门：路桥设计所（主要要从事高等级公路、桥梁、隧道勘测设计）交通战略规划研究所（主要从事行业和地区交通战略规划和政策咨询、工程项期咨询）智能交通所（主要从事高速公路收费、监控、通信三大系统设计和施工、数字硬盘录像系统等交通机电系统配套产品研发）环保研究所（主要从事规划及建设项目环境影响评价、水土保持方案编制、竣工环保验收、环境保护设计、咨询与研究）道路工程研究所（广西重点试验室，主要从事道路工程、水运工程、岩土工程、建筑工程的科研、咨询、试验和检测）桥隧检测所（广西旧桥加固技术中心，主要从事公路、水运、建筑等行业在建和后期养护工程项目检测评估和课题研究）生态研究所（主要从事交通生态环境与景观工程、土地利用与复垦、岩土工程勘察与地质灾害防治工程、路桥养护工程咨询、设计、施工）工程监理部（主要从事高等级公路、独立大桥、公路机电工程施工监理）交安工程部（主要从事高等级公路和市政工程交安工程施工）南宁捷赛数码科技有限责任公司（主要从事电子产品研发、高新技术应用）等16个部门

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