四川旅游发展研究中心机构设置在四川省社科联和教育厅领导和指导下，并受乐山师范学院直接管理
日常管理实行中心主任负责制下的专职人员管理
学术管理实行学术委员会主任负责下的委员会管理，委员主要由省内知名专家担任
同时聘请各方面的专家组成规划发展委员会，指导中心工作
中心下设四个研究所，分别是：旅游规划研究所、世界遗产研究所、旅游文化研究所和生态旅游研究所
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