国家高原湿地研究中心对外交流“中心”注重国内外交流与合作，与中科院东北地理与农业生态研究所、昆明动物研究所、昆明植物研究所，以及北京师范大学、华东师范大学、云南大学等保持长期的科研合作关系
“中心”加入了“中美绿色合作伙伴（湿地研究）”、“湄公河流域湿地研究及培训大学网络（WUN）”，并与“世界自然基金会（WWF）”、“瑞尔保护协会（Rare）”、“大自然保护协会（TNC）”、“湿地国际（WI）”等组织开展了一系列卓有成效的科研合作
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