清华大学电子工程系改革开放1978年，无线电电子学系的重建工作从决定搬迁回校即已开始；同年恢复在校本部招生
1980年底，清华大学考虑到微电子技术的迅速发展和清华大学的整体布局，决定以系的半导体器件与物理教研组和试制车间为基础，建立清华大学微电子学研究所，独立建制；大学生本科生专业仍在无线电电子学系，教学工作由系和所共同负责
1992年，研究生专业由所单独负责；根据世界电子科学技术发展趋势和中国国民经济发展的需要，全系确定了五个学科发展方向：高速、实时的及多维的信息与信号处理；数字通信与光通信；专用集成电路与集成系统的设计与应用；信息光电子学与集成光电子学；微细加工及微细检测与分析技术
1989年，由于无线电含义不够确切，系名改为电子工程系，内涵不变
2013年，开展教师人事制度改革，实行分系列聘用和管理，教研系列实行准聘-长聘制，研究系列实行团队制
2015年7月，清华电子系在天津中新生态城成立了“清华大学天津电子信息研究院”，旨在推动科研成果转化
2018年12月10日，获首批全国党建工作标杆院系培育创建单位
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