北京大学环境学院科学研究2001年以来，每年都有国家自然科学基金重点项目和重大研究计划项目得到批准，其中2004年获得批准的重点项目3项，重大研究计划项目1项，2005年获得重大研究计划项目2项

2008年获批准的国家自然科学基金项目20项，其中重点项目1项

2001-2004年每年参与和主持的863、973项目均在2项以上

直接进入本院的横向项目平均每年在15项左右

2003年，本院共有2个项目获教育部自然科学一等奖，分别是陶澍教授牵头的“重金属形态的时空分异、影响因素及生态效应”以及方精云院士牵头的“中国陆地生态系统碳循环与植被生产力的研究”，另有蔡运龙教授牵头的“中国农业－农村发展可持续性的区域评价、区域战略及操作途径”获该年度教育部科技进步一等奖

2005年，方精云院士牵头的“中国陆地生态系统生产力和碳循环的研究项目”获得国家自然科学二等奖

许学工教授参与的（排名第四）“渤海西南岸滨海油区环境演变卫星监测及预测研究”获得国家科技进步三等奖

环境学院基础研究与应用研究并举，两方面的科研经费接近

2001-2007年，无论是横向经费还是纵向经费总体上呈上升趋势

2008年度全院科研经费总额达到4500万元

近年来，学院在国际、国内刊物上发表论文的数量均呈稳步增加的趋势

方精云院士曾在Science上一年内连续发表2篇论文

2006年全院在SCI和SSCI收录刊物上发表论文近70篇

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