哈尔滨工业大学能源科学与工程学院院系调整1954年（这个时间有争议，校史馆资料为1956年），哈工大成立了动力机械系（2系，现称热能动力工程系），在苏联专家的帮助下，哈工大动力机械系创立了3个专业和5个教研室：热工教研室和流体力学教研室是技术基础课教研室，分别成立于1954年和1955年；锅炉专业和教研室成立于1954年；热力涡轮机专业和教研室成立于1955年；水力机械专业和教研室成立于1955年，以上3个专业在我国都是第一个成立的

1960年，工程物理系被撤销，李昌校长为了保存实力，将工程物理系并入动力机械系（故又称：动力机械系中的工程物理部分）

当时的动力机械系包括动力机械系和工程物理系两个部分

其中，动力机械系包括锅炉专业（23专业）、热力涡轮机专业（24专业）、水力机械专业（25专业）；工程物理系包括核物理专业（21专业）、核反应堆专业（22专业）、电物理专业（26专业）

哈工大南迁工作自1970年4月开始，动力机械系部分实验设备也随之迁往重庆

1973年7月3日，上级决定撤销重工大，恢复原哈工大，一部分教工回到哈尔滨，一部分教工调往第二汽车厂等单位

之后，在1976年专业调整时，核物理专业和电物理专业并入中科院高能所，核反应堆专业并入清华大学200号，调增后的动力机械系更名为动力工程系

1978年，为了更好地适应各专业发展的需要，哈工大动力工程系锅炉专业改名为热能工程专业，热力涡轮机专业改名为热力发动机专业，水力机械专业改名为液压技术专业

下设锅炉教研室、热力涡轮机教研室、液压教研室、热工教研室等四个基本教学科研单位，还有系办公室等服务机构

1988年，哈工大威海正式挂牌

同年，哈工大与中国第一汽车集团公司联合办学，成立了汽车工程学院

1994年6月，哈工大将动力工程系和汽车工程学院合并，成立了能源科学与工程学院（以下简称能源学院）

当时的汽车工程学院设有两个专业：内燃机专业和汽车设计与制造专业

1997年7月，汽车工程学院迁到哈尔滨工业大学威海校区；1998年，学校进行学科整合时，液压技术教研室的液压部分合并到机电工程学院

2003年，为了适应建设研究型大学的需要，哈工大能源学院撤销了教研室，成立了能源与环境工程系、飞行器推进及流体动力系、本科教学实验中心和8个科学研究所或中心（推进理论与技术研究所、燃烧工程研究所、航空航天热物理研究所、低温与超导技术研究所、先进动力控制及可靠性研究所、工业电子技术研究所、流体机械及工程中心、能源与环境工程中心）

2006年，哈工大能源学院低温与超导技术研究所归口科学技术研究院管理，2008年，能源学院成立了核能工程研究中心，2011年，成立了动力机械振动与噪声控制技术研究所

2013年，“能源与环境工程中心”更名为” 能源与环境工程研究所”；“流体机械及工程中心”更名为“流体机械及工程研究所”

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