东南大学公共卫生学院科学研究学院注重围绕国家和区域经济社会发展的公共卫生重大问题，积极开展科学研究，重点在环境与健康、纳米毒理、太湖水环境治理、健康膳食干预、重大传染病防治以及卫生政策研究等方面形成了稳定的研究方向

目前承担有国家973、863计划、国家自然基金，卫生部重大专项、科技部支撑计划以及省自然基金和国际合作课题等近100项

近五年来，获得纵向科研经费5000余万元，发表SCI、EI等高水平学术论文200余篇，发明专利已实现成果转化的10余项

学院拥有教学科研用房6000余平方米，建有教学实验中心、计算机中心和分析检测中心以及SPF动物实验室，并建有“环境医学工程”教育部重点实验室、江苏省生物材料与器件重点实验室、铁道部艾滋病检测中心、卫生部保健功能食品检测中心

此外，与江苏省CDC共建了江苏省“135”工程流行病学重点实验室

现各类仪器设备总值近3000万元

江苏省环境诱变剂学会理事长单位挂靠学院

学院积极开展国内外的学术交流，先后邀请美国、德国、澳大利亚以及中国香港地区、中国台湾地区等国家和地区的多所高校的著名专家学者来院访问交流，并积极选派青年教师前往国外著名高校访问研修，与香港大学公共卫生学院建立了院际交流合作关系，与澳大利亚蒙纳什大学公共卫生学院在联合培养方面开展了密切合作

2009年，在教育部组织的全国高校与科研院所一级学科评估排名中，学院“公共卫生与预防医学”一级学科位列第9位

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