福建中医药大学附属医院截至2023年3月，学校有4所直属附属医院，其中附属人民医院是国家中医临床研究基地，附属第二人民医院是国家中医药传承创新工程重点中医医院，附属第三人民医院是国家级中医药高层次人才培养基地，附属康复医院是国内首家通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院；有11所非直属附属医院、9所临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所
有康复、肛肠、脾胃、外科等8个国家临床重点专科，17个国家中医药管理局重点专科、专病
屏山校区设立国医堂医院
直属附属医院：福建中医药大学附属人民医院（第一临床医学院）、福建中医药大学附属第二人民医院（第二临床医学院）、福建中医药大学附属第三人民医院（第三临床医学院）、福建中医药大学附属康复医院
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