福建中医药大学教学建设2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩；2010年12月，中医学专业通过教育部试点认证；2016年，物理治疗学（PT）和作业治疗学（OT）两个培养方向分别通过世界物理治疗联盟（WCPT）、世界作业治疗联盟（WFOT）的认证

2017年5月，中药学通过教育部专业认证

2019年3月，护理学通过教育部专业认证

2020年3月，临床医学通过教育部专业认证

截至2022年10月，学校拥有9个国家级一流本科专业建设点、4个国家级特色专业、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地、1个国家级人才培养模式创新实验区、6门国家级一流本科课程、2个国家级课程思政示范项目、3门国家级精品课程、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1门双语教学示范课程、2个国家级教学团队，203个省级本科教学工程项目，178个国家级、省级大学生创新创业训练计划项目

主编“十二五”“十三五”“十四五”规划教材60部

获国家级教学成果一等奖1项、二等奖2项，省级特等奖5项、一等奖14项、二等奖18项

 国家级一流本科专业建设点：康复作业治疗、临床医学、针灸推拿学、中西医临床医学、康复物理治疗、护理学、中医学、中药学、康复治疗学 国家级精品课程：康复护理学、中医诊断学、中医骨伤科学基础 国家级特色专业：中医学、针灸推拿学、护理学、中西医临床医学 国家级双语教学示范课程：经络腧血学 国家级人才培养模式创新实验区：中医师承人才培养模式创新实验区 国家级精品视频公开课：中医健康理念、经络养生一点通 国家级精品资源共享课：康复护理学、中医诊断学、中医骨伤科学基础 国家级专业综合改革试点：中医学 国家级大学生校外实践教育基地：福建中医药大学附属人民医院 省级一流本科专业建设点：药物制剂、公共事业管理、药学、医学影像技术、信息管理与信息系统 省级实验教学示范中心：中药学实验教学中心、中西医临床技能实践教学中心、中西医结合基础医学实验教学中心、中西医护理技能实践教学中心、康复实践教学中心 

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