福建中医药大学文革期间1969年11月，福建省革命委员会领导小组决定福建中医学院与福建医学院、华侨大学医疗系合并成立福建医科大学，迁址泉州，省中医研究所同时与福建中医学院脱钩
1966年，“文化大革命”开始，个体中医诊所停办
省人民医院因西医人员比重日益增大而失去原有中医院的特点，市人民医院迁往北峰山区
全校220名教职工（不包括附属单位），有180名被下放
1972年成立的福建医科大学中医系继续培养中医药人才，薪火相传，延续着福建中医学院的使命
（以上数据统计时间段：1969.夏-1978.秋）
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