云南中医药大学科研机构截至2023年2月，学校拥有国家中医临床研究基地1个，省级重点实验室3个、工程（技术）研究中心3个、中医药临床评价研究中心1个，公共科技服务平台2个，省级创新团队6个，省级新型研发机构2个
有国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，省级院士专家工作站及站点23个，省级协同创新中心3个，省技术转移示范机构1个，省教育厅重点实验室和工程中心21个，省教育厅科技创新团队15个
与省科技厅共同设立“云南省科学技术厅 云南中医药大学应用基础研究联合专项资金”，是云南省中医药政策研究中心，中国中医科学院中医药数据中心云南分中心，云南省民族医药保护与产业发展研究基地
国家级海外中医药中心：中国-缅甸中医药中心、中国-老挝中医药中心 科研平台一览表序号名称负责人批准部门级别批准时（年）国家中医临床研究基地1国家中医临床研究基地温伟波国家中医药管理局国家级2018年省部级重点实验室2中药药理实验室林青国家中医药管理局部级2009年3中药药理（免疫）实验室毛晓健2009年4云南省傣医药与彝医药重点实验室张超云南省科技厅省级2016年11月5云南省中医药学分子生物学重点实验室袁嘉丽2021年3月6云南省南药可持续利用重点实验室（培育）张荣平2020年12月省级工程中心（实验室）7云南省民族特色养生理论与健康产品工程实验室饶高雄云南省发展和改革委员会省级2015年12月8云南省道地濒危中药材繁育与栽培工程技术研究中心徐福荣云南省科技厅省级2016年7月9云南省药食同源饮品工程研究中心 赵毅云南省发展和改革委员会省级2021年5月省级2011协同创新中心10南药研究协同创新中心俞捷云南省教育厅省级2013年11月11云南中医药特色健康产品研发协同创新中心（培育）赵毅云南省教育厅省级2015年12月省级公共科技服务平台12云南省中药饮片开发与质量检测公共科技服务平台周志宏云南省科技厅省级2016年10月13云南省中医药科技资源开放共享公共科技服务平台孟庆红云南省科技厅省级2019年2月省级技术转移示范机构14云南中医药大学生物医药技术转移中心周志宏云南省科技厅省级2016年12月省级哲学社会科学研究基地15云南民族医药保护与产业发展研究基地郑进云南省省委宣传部省级2009年12月省级科技入滇（国际科技合作）项目16面向南亚东南亚的传统医药防治代谢性疾病联合研究中心俞捷云南省科技厅省级2020年省高校重点实验室17云南省高校中医药学分子生物学重点实验室袁嘉丽云南省教育厅地厅级2007年18云南省高校民族药现代研究重点实验室陈普2007年19云南省高校天然药物活性成分与功能重点实验室饶高雄2011年20云南省高校中医药临床科研重点实验室 秦国政2013年21云南省高校中药民族药质量标准研究重点实验室何红平2014年6月22云南省高校芳香中药研究重点实验室赵毅2016年12月23云南省高校中医风湿免疫病重点实验室李兆福2018年9月24云南省高校中西医结合防治甲状腺病重点实验室范源2019年7月25云南省高校中医证候微观辨证重点实验室石安华2019年7月26云南省高校外用给药系统与制剂技术研究重点实验室马云淑2019年7月27云南省高校针灸推拿防治脑病重点实验室邰先桃2019年7月省高校工程研究中心28云南省高校中药材优良种苗繁育工程研究中心钱子刚云南省教育厅地厅级2011年29云南省高校民族药保护与鉴定工程研究中心徐福荣2014年6月30云南省高校中药饮片工程研究中心周志宏2018年9月31云南省高校药食同用资源养生产品工程研究中心饶高雄2018年9月32云南省高校保健食品化妆品工程研究中心刘录2020年12月昆明市工程技术研究中心33昆明市中药材繁育与鉴定工程技术研究中心徐福荣昆明市科技局地厅级2016年2月昆明市重点实验室34昆明市民族医药资源研究重点实验室饶高雄昆明市科技局地厅级2016年2月35昆明市中医药学分子生物学重点实验室陈文慧2016年2月36昆明市代谢性疾病中医药防治重点实验室俞捷2017年8月 校级协同创新中心序号名称负责人批准部门类别批准时间（年）37云南特色天然健康产品开发协同创新中心赵毅云南中医学院校级2014年38基于中药药效的中医气血证治规律研究协同创新中心林青2014年39云南濒危道地药材资源研究协同创新中心钱子刚2014年40中医药调节微生态平衡协同创新中心袁嘉丽2016年 科研团队一览表序号名称负责人批准部门级别批准时间（年）省级院士专家工作站及站点1郜发宝专家工作站熊磊云南省科技厅省级2015年8月2张烜专家工作站彭江云2015年8月3王阶院士工作站李易2016年11月4石学敏院士工作站施静2016年2月5刘建勋专家工作站林青2016年2月6朱勉生专家工作站陈祖琨2016年2月7孙光荣专家工作站姜丽娟2016年2月8禤国维专家工作站叶建州2016年2月9刘昌孝院士工作站俞捷2017年9月10梁繁荣专家工作站邰先桃2017年9月11黄璐琦院士工作站站点饶高雄2017年9月12徐宏喜专家工作陈文慧2018年12月13王拥军专家工作站陈燕溪、姜丽娟2018年12月14王庆国专家工作站李兆福2020年4月15郜发宝专家工作站熊磊2021年1月16王林元专家工作站杨兴鑫2021年1月17程永现专家工作站卞瑶2021年1月省创新团队18云南省中医治未病理论应用研究创新团队熊磊云南省科技厅省级2019年11月19云南中医药大学中医药调节人体微生态省创新团队袁嘉丽2017年8月20云南中医药大学第一附属医院中医防治皮肤病省创新团队 叶建州2018年7月省哲社创新团队21“中医药产业发展”云南省哲学社会科学创新团队孟庆红云南省社会科学界联合会省级2020年5月省高校科技创新团队22云南省高校中药学科技创新团队钱子刚云南省教育厅地厅级2010年9月23云南省高校中医男科学科技创新团队秦国政2011年9月24云南省高校中医防治风湿病科技创新团队汤小虎2014年9月25云南省高校中医药调节机体微环境应用基础研究科技创新团队袁嘉丽2014年9月26云南省高校天然药物活性成分与功能科技创新团队何红平2016年12月27云南省高校中医药产业发展与促进科技创新团队孟庆红2018年9月28云南省高校针灸防治骨质疏松症科技创新团队赵荣2018年9月29云南省高校民族药研究与开发科技创新团队王睿睿2018年9月30云南省高校中药防治代谢性疾病科技创新团队俞捷2019年7月31云南省高校道地濒危中药材繁育与栽培科技创新团队徐福荣2019年7月32云南省高校中医治法与中药药效关系研究科技创新团队李秀芳2019年7月33云南省高校针灸防治神志病科技创新团队刘海静2019年7月34云南省高校药用食用花卉科技创新团队周旭红2020年12月昆明市院士专家工作站35云南（昆明）杨国源专家工作站周宁娜昆明市科技局地厅级2020年12月 校级科研平台序号名称负责人批准部门类别批准时间（年）校级院士专家工作站36郜发宝专家工作站熊磊云南中医学院校级2015年37朱勉生专家工作站陈祖琨2015年38石学敏院士工作站施静2015年39刘建勋专家工作站林青2015年40王琦专家工作站秦国政2015年41孙光荣专家工作站姜丽娟2015年42张烜专家工作站彭江云2015年校级中医学术流派传承工作室43云南张氏助孕安胎学术流派传承工作室姜丽娟云南中医学院校级2016年44云南罗氏调气理血学术流派传承工作室李晓2016年45云南孟氏学术流派传承工作室张春艳2016年46云南钟氏中医肛肠学术流派传承工作室张志云2016年47云南陆氏气阴学术流派传承工作室魏丹霞2016年48云南赵氏“防治康养”汇通学术流派传承工作室叶勇2016年49云南夏氏强筋整骨推拿学术流派传承工作室王春林2016年50云南戴氏经方医学流派传承工作室严继林2016年51云南濒危道地药材资源研究协同创新中心钱子刚2014年52中医药调节微生态平衡协同创新中心袁嘉丽2016年
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