中国科学技术大学文革时期1966年5月，“文化大革命”在全国范围内爆发，学校停止招生，教学、科研工作被迫停顿

1961级学生在校长达6年半之久，至1967年12月方毕业分配，走上工作岗位

研究生至1968年才派遣完毕

1966年6月，根据中共北京市委要求，中国科学院向中国科大派驻工作组

此后，揭发会、批斗会、大字报、大辩论持续不断，掀起了全校文化大革命的高潮

至7月29日，驻校工作组才根据上级决定，撤离科大

1968年3月5日，中国科大革命委员会正式成立，次日开始办公，在革委会各办事机构健全之前，统管一切有关革委会事宜

1968年8月，解放军驻京“毛泽东思想宣传队”200余人、首都工人“毛泽东思想宣传队”两批300人进驻科大，领导学校“斗、批、改”运动

1969年2月27日，学校成立教育革命组

之后，学校陆续派出了11支教育革命探索小分队，共77人分赴部队、农村、工厂进行教育革命探索，并到上海取经

1969年7月9日，中国科技大学教育革命调查组草拟出《关于走共大道路，重建无产阶级新科大的初步意见》一稿，其主要精神是：以江西共产主义劳动大学为榜样，向清华、北大学习，到江西创办教育革命基地

7月15日～23日，学校派出多人分批去湖北、江西、东北等地选点办“五·七”干校，以便干部轮流下放劳动锻炼

1969年10月26日，中共中央下发《关于高等学校下放问题的通知》，刘西尧经与安徽省革命委员会主任李德生协商，指令中国科大战备疏散到安徽省安庆市

先遣人员90人12月初赶赴安庆，随后900人到达该市，被安置在安庆市委党校的一栋三层小楼里，拥挤不堪，食宿等基本生活无法维持

中国科大自1969年12月开始迁入安徽，至1970年10月基本完成搬迁

总计组织货运装车70余次，运货量865吨，装运仪器、器材、图书、档案等35000箱；迁出家属470多户，组织职工、学生、家属客运20多批，约6000人次，用火车皮510多节，搬迁费达77万元

1971年9月，国务院决定将中国科大改为安徽省与第三机械工业部双重领导，以安徽省为主

学校迁入合肥时，仪器设备损失2/3，教师流失1/2以上

教学、生活用房严重不足，校舍面积不到6万平方米

1972年，全校讲师以上职称的教师不足百人

1972年，学校重建了数理化基础课教研室，广大师生在十分恶劣的条件下开始了教学科研工作

学校决定将分布在全国范围各种岗位上的300多名1968～1970届毕业生招回学校进修，举办“回炉班”

“回炉班”结业后，他们与学校从各地所招的200余名教师一起充实了学校的教师队伍，使队伍建设取得重要进展，为后来形成以年轻人才为主体的师资队伍奠定了良好的基础

在此期间招收的1972～1976级工农兵学员，学制改为3年

1973年3月，经国务院批准，中国科大改为安徽省和中国科学院双重领导，以安徽省为主

1975年9月，中国科学院经请示国务院，决定中国科大由以安徽省领导为主改为以中国科学院领导为主

同年，主持中国科学院工作的院党的核心小组第一副组长胡耀邦在准备向国务院提交中国科学院《汇报提纲》的同时，指示科大代表科学院起草向国务院汇报的《关于中国科学技术大学几个问题的请示报告》

在报告中，提出中国科大要通过择优录取应届毕业生、试办研究生班等建议

报告上报后，邓小平圈阅同意

当中国科大准备实行经邓小平指示同意的办法招生时，全国掀起“反击右倾翻案风”，《关于科技工作的几个问题》被诬蔑为“复辟”“回潮”的“毒草”

至1977年底，中国科大校舍面积达11.8万平方米，全校教职工2300余人，其中教师1157人，教授8人，副教授10人，讲师126人

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