广东省农业科学院科研机构截至2016年8月，全院建有15个科研机构，国家重点实验室1个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，国家地方联合工程研究中心1个，农业部专业性/区域性重点实验室5个、农业科学观测试验站5个，广东省公共实验室3个，广东省重点实验室11个，科技部国际科技合作基地1个

 国家重点实验室：畜禽育种国家重点实验室 省级重点实验室：广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室、广东茶树资源创新利用重点实验室、广东省养分资源循环利用与耕地保育重点实验室、广东省蔬菜新技术研究重点实验室、广东省热带亚热带果树研究重点实验室、广东省农作物遗传改良重点实验室、广东省功能食品研究重点实验室、广东省果蔬深加工重点实验室、广东省畜禽疫病防治研究重点实验室、广东省植物保护新技术重点实验室、广东省水稻育种新技术重点实验室、广东省畜禽饲料研究实验室 农业部重点实验室：农业部农产品质量安全检测与评价重点实验室、农业部功能食品重点开放实验室、农业部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室、农业部南方植物营养与肥料重点实验室、农业部华南动物营养与饲料重点实验室 省部共建国家重点实验室培育基地：广东省农产品加工重点实验室 院级科研机构：水稻研究所、蔬菜研究所、植物保护研究所、作物研究所、果树研究所、农业经济与农村发展研究所、动物科学研究所、动物卫生研究所、蚕业与农产品加工研究所、农业资源与环境研究所、环境园艺研究所、茶叶研究所、农业生物基因研究中心、农产品公共监测中心和农业科研试验示范场 

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