重庆交通大学科技创新能力持续增强学校拥有山区桥梁与隧道工程国家重点实验室、国家内河航道整治工程技术研究中心、交通土建工程材料国家地方联合工程实验室3个国家级重点科研平台，水利水运工程教育部重点实验室、山区桥梁结构与材料教育部工程研究中心、城市轨道车辆系统集成与控制重庆市重点实验室、智能物流网络重庆市重点实验室、山地城市交通系统与安全重庆市重点实验室、绿色航空能源动力重庆市重点实验室等42个省部级科研平台，西南水运科学研究所、沙漠土壤化研究院等20余个研发机构
在山区交通基础设施、生态航道、轨道装备、运输物流、绿色航空等领域取得了一批有影响力的成果，学校先后荣获国家科技进步奖、国家发明奖14项，省部级科技奖励524项
公开发行《应用数学和力学》《重庆交通大学学报》（自然科学版、社会科学版）等核心学术期刊
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