中国中医科学院中医临床基础医学研究所负责课题目前，重点试行课题组负责制管理，全所共分为10个课题组
所长办公室负责所里行政管理、人事财务、资产管理、安全保卫等工作，科教处负责科研课题管理、研究生教育和医疗管理工作
业务科室包括中医心理学研究室、中医药标准规范研究中心、中医养生保健研究室、临床评价中心、社区慢病研究室
同时，设有中医学和中西医结合的博士、硕士培养点和博士后流动站
目前，临床所共有人员48人，全部具有本科以上学历，研究生比例占60%以上
现为国家中医药管理局中医药标准化工作办公室挂靠单位/ISOTC249国内对口单位，并承担国家中医药管理局2009年中医药行业专项办公室工作
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