黑龙江省农业科学院科研平台截至2018年11月，农科院设有33个直属分院（研究所、中心），其中22个建在哈尔滨市，10个分布在全省不同生态类型区，1个南繁基地建在海南省三亚市

农科院还建有58个国家级、省部级中心分中心和重点实验室，28个国家现代农业产业技术体系综合试验站，9个农业农村部野外观测站，24个原原种基地、示范推广基地及共建高效现代农业示范园区等基础研究平台 

研究所：黑龙江省农业科学院草业研究所、黑龙江省农业科学院大豆研究所、黑龙江省农业科学院耕作栽培研究所、黑龙江省农业科学院浆果研究所、佳木斯水稻研究所、黑龙江省农业科学院经济作物研究所、黑龙江省农业科学院农村能源研究所、黑龙江省农业科学院农产品质量安全研究所、黑龙江省农业科学院食品加工研究所、黑龙江省农业科学院生物技术研究所、黑龙江省农业科学院植物脱毒苗木研究所、黑龙江省农业科学院土壤肥料与环境资源研究所、黑龙江省农业科学院五常水稻研究所、黑龙江省农业科学院畜牧研究所、黑龙江省农业科学院信息中心、黑龙江省农业科学院遥感技术中心、黑龙江省农业科学院玉米研究所、黑龙江省农业科学院作物育种研究所、黑龙江省农业科学院农化研究所、黑龙江省农业科学院植物保护研究所、黑龙江省现代农业示范区管理中心、黑龙江省农业科学院海南繁育基地、黑龙江省农业科学院对俄农业技术合作中心、黑龙江省农业机械工程科学研究院

分院：黑龙江省农业科学院大庆分院、黑龙江省农业科学院黑河分院、黑龙江省农业科学院佳木斯分院、黑龙江省农业科学院克山分院、黑龙江省农业科学院牡丹江分院、黑龙江省农业科学院齐齐哈尔分院、黑龙江省农业科学院绥化分院、黑龙江省农业科学院园艺分院 

国家级中心：国家马铃薯改良中心、国家小麦种质改良分中心、国家大豆工程技术研究中心、国家大豆种质改良分中心、国家蔬菜种质改良分中心、农业部谷物及制品质量监督检验测试哈尔滨分中心、农业部植物新品种测试哈尔滨分中心、绿色食品检测分中心、黑龙江省农业科学院对俄农业技术合作中心、国家亚麻种质改良分中心、国家玉米种质改良分中心、国家玉米区域技术创新中心、国家大豆区域技术创新中心、农业工程设计中心、国家农业科学数据共享中心黑龙江省服务分中心等 

农业农村部野外观测站：农业部哈尔滨作物有害生物科学观测实验站 、农业部寒带作物基因资源与种质创制黑龙江科学观测实验站、农业部东北早熟农业科学观测站、农业部东北地区作物栽培科学观测实验站、农业部佳木斯作物有害生物科学观测实验站、农业部哈尔滨作物有害生物科学观测实验站等

原原种基地：国家抗线大豆原原种基地、国家早熟大豆原原种基地、国家优质水稻原原种繁育基地等

国家产业技术体系综合试验站：国家牧草产业技术体系绥化综合试验站、国家水稻和玉米产业技术体系哈尔滨综合试验站、国家产业技术体系玉米综合试验站、国家产业技术体系大豆综合试验站、国家大豆产业体系佳木斯试验站、国家玉米产业技术体系克山特早熟综合试验站、国家小麦产业技术体系东北综合试验站、国家大豆改良中心牡丹江试验站、国家水稻产业技术体系五常综合实验站等

黑龙江省工程技术研究中心：黑龙江省大豆育种工程技术研究中心、黑龙江省白浆土机械改良工程技术研究中心、黑龙江省沙棘工程技术研究中心、黑龙江省果树工程技术研究中心、黑龙江省马铃薯工程技术研究中心、黑龙江省胚胎工程技术研究中心、黑龙江省高档肉牛工程研究中心、黑龙江省蔬菜工程技术研究中心等

黑龙江省重点实验室：黑龙江省三江平原作物育种与栽培重点实验室、黑龙江省寒地果树育种与栽培重点实验室、黑龙江省谷物品质与谷物食品重点实验室、黑龙江省作物与家畜分子育种重点实验室、黑龙江省植物单克隆重点实验室等

其他科研平台：黑龙江寒带植物基因资源研究中心、中美草坪草研发中心、国家现代农业产业技术体系大豆、大麻综合试验站、农业部能源作物品种选育及种植示范基地、中国科学院北方粳稻分子育种联合研究中心、中科院先导科技专项东北分子育种基地、中科院国外沙棘品种（品系）中试驯化基地、国家水利部定点大果沙棘繁育基地、农业部“合丰号”高油大豆原原种扩繁基地、黑龙江省寒地果树研究开发及生产中试基地、黑龙江省生物信息学联合研究中心、农业部马铃薯生物学与遗传育种重点实验室、黑龙江省寒地特色果蔬加工中试基地等               

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