中国社会科学院农村发展研究所科研平台截至2018年10月，农发所下设10个研究室、2个职能部门，依托成立1个智库、5个非实体研究中心，挂靠管理6个国家级学会
研究室：乡村治理研究室、农村组织与制度研究室、城乡关系与发展规划研究室、农村产业经济研究室、贫困与福祉研究室、农村环境与生态经济研究室、农产品市场与贸易研究室、农村金融研究室、土地经济与人力资源研究室、农村信息化与城镇化研究室
智库平台：中国社会科学院城乡发展一体化智库、全国社科农经协作网络大会
院级非实体研究中心：中国社会科学院生态环境经济研究中心、中国社会科学院贫困问题研究中心
所级非实体研究中心：中国社会科学院农村发展研究所合作经济研究中心、中国社会科学院农村发展研究所社会问题研究中心、中国社会科学院农村发展研究所畜牧业经济研究中心
挂靠社团：中国生态经济学学会、中国林牧渔业经济学会、中国县镇经济交流促进会、中国国外农业经济研究会、中国城郊经济研究会、中国西部开发促进会
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