中国科学院水利部水土保持研究所科研部门根据2016年3月研究所官网显示，研究所有6个研究单元，1个国家重点实验室，1个国家工程技术研究中心，1个水利部工程技术研究中心，3个研究室，4个野外台站
国家重点实验室：黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室 国家工程技术研究中心：国家节水灌溉杨凌工程技术研究中心 水利部工程技术研究中心：水利部水土保持生态工程技术研究中心 研究室：流域生态与管理研究室、区域水土保持与环境研究室、林草生态研究室 野外台站：安塞水土保持综合试验站、长武黄土高原农业生态试验站、固原生态试验站、神木侵蚀与环境试验站
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